地球編
死者が当時のままの姿で蘇る（黄泉がえる）という、原因不明の超常現象が世界規模で多発する。
ゴルゴムの世紀王シャドームーンも黄泉がえりにより復活。打倒シャドームーンを掲げ襲い掛かってきたフォッグマザー一味を降し、大地の力を宿す瀬川耕司＝仮面ライダーＪとの運命的な邂逅を果たした後、悪の大勢力にして無限なる帝国ガイスト・ショッカー（Ｇショッカー）へと合流する。
一方その頃、地球上の世界各地で排他的な地球ナショナリズム（地球至上主義）の思想が台頭しはじめる。日本も例外ではなく、江戸川総司令や倉間鉄山将軍ら有能な指揮官達が次々と更迭される中、代わって三輪防人が極東防衛軍の実権を握る。これらの背後には、ティターンズすらも意のままに操る謎の宗教団体――地球教の暗躍があった。
※>68-78欠番
Ｇショッカーの最高幹部・十二邪将の一人として暗躍するスマートブレイン社の社長・村上峡児、そして天王路博史。Ｇショッカー地下帝国軍によって囚われるグレートマジンガーとゲッターチーム。かつての上官サコミズの無実を証明すべく奔走する元GUYS隊員のカザマ・マリナとアマガイ・コノミ。
それぞれの思惑が交錯する中、日本国内閣総理大臣・剣桃太郎は、連邦極東軍における一連の異変が、地球教を頂点とし、地球至上主義を束ねる闇の元老院――ロゴスによる陰謀と見抜いていた。そして加賀美新は再び仮面ライダーガタックへの変身能力を身につけ、デンライナー署へと出向するのであった。
仰木舞がバイオロンに連れ去られるというアクシデントを乗り越え、無事に再会を果たしたメタルダー＝剣流星と舞、八荒の３人。南光太郎＝仮面ライダーBLACK RXも、トップガンダーの協力を得て、ボスガンの襲撃と魔女ギバの卑劣な陰謀を撃退した。クライシス帝国機甲大隊長ガテゾーンは、ジャーク将軍にネロス帝国との共同作戦を進言。ガテゾーンの意外な過去が明らかになる。そして宇宙刑事達は、Ｇショッカーの作戦によって謎の異空間に築かれたコロシアムへとおびき出された。
クライシス帝国とネロス帝国による合同作戦の猛攻を見事退けた11人ライダーとメタルダー。ストロンガーは電波人間タックル＝岬ユリ子の救出に成功し、メタルダーも戦友トップガンターとの再会を果たした。一方、長年放置されていたフラッシュキングを悪用した武装頭脳軍ボルトのドクターケンプの作戦も、超獣戦隊ライブマンと仮面ライダーＪの活躍によって阻止された。しかし、それも束の間…。ついに影の王子シャドームーンが動き出した！
南雅彦は元GUYSのメンバーに対して、ついに刺客を放つ。偶然通りかかった乾巧は、マリナたちを襲っていたカイザ＝草加雅人と偶然再会、ファイズに変身してこれを撃退する。その頃政界では、剣総理が非ナチュラル種の人権を幅広く認めた公民権法案の提出を電撃的に発表。各方面に波紋を呼ぶ。そして記憶を取り戻した城戸真司と秋山蓮が再びライダーとなる一方で、デーモン族の暗躍により悪魔くんが連れ去られてしまう。オルグも再び活動を再開。ラセツが料理大会を襲ったのを皮切りに、ウラも狼鬼復活のために画策をめぐらす。
重症を負い入院した東副総監の代わって当面の間、正木警視監の指揮下に入る事になったブレイブポリス。ソルブレインとの合同捜査の末、ネオ生命体ドラスと遭遇する事になるが…。
ドラスの中に父親を慕う心を見た友永勇太と西尾大樹は正木警視監に進言し、凶悪な生命体といえども、その命と心を救う決意を固める。一方のドラスは改造実験帝国メスの基地ラボーへと連れ去られ、大博士リー・ケフレンと手を組むこととなる。
日本の内閣総理大臣・剣桃太郎が暗殺の刺客に襲われ消息不明となる大事件が発生。民自党政権は急遽、茅葺よう子前総理を首相臨時代理に推し立て、白河一派の妨害をかわしつつ、公民権法成立のため尽力を続ける。
一方、閻魔大王からの緊急要請を受けた鬼太郎は、妖怪帝国から差し向けられた刺客を退け、捕らえられた悪魔くんたちを救出すべく、魔界トンネルを抜けて「見えない学校」を目指す。
剣鉄也や流竜馬たちゲッターチームが囚われているＧショッカー海底基地の所在地を特定した日米両政府は、仮面ライダーたちにその救出作戦を要請。その作戦に加わったＸライダーは、戦場にてかつての好敵手アポロガイストと思わぬ再会を果たし、GODの殺人マシーンの健在ぶりを見せ付けたアポロガイストに僅差で敗北してしまう。そして海底基地は全てを飲み込み大爆発を遂げた・・・。
それと時を同じくして、ガルマ・ザビ率いるＧショッカー地下帝国軍・機甲軍団の日本制圧作戦がついに開始された！！
マジンガーチームとシャッフル同盟の活躍で、ガルマ軍は日本から撤退した。
生きていた内閣総理大臣・剣桃太郎！ そして岡防衛長官、江戸川総司令ら往年の名司令官達も続々と日本に帰還。白河尚純の野望を粉砕し、三輪防人を日本から追放する。
一方その頃、九州ではいろいろと不穏な動きが・・・。
剣桃太郎、マイケル・ウィルソンJrらヒーロー陣営に理解を示す西側各国首脳や連邦政府諜報部プリベンター等の活躍によって、ついに地球連邦政府の中枢からティターンズ派は排除された。
一方、若き帝王メギド率いるジャシンカ帝国が新たな狼煙を上げ、また静弦太郎と霧島五郎のコンビも再び任務へと旅立つ。その頃、ヌーベルトキオシティでは"普通の人々"による人質テロ事件が発生する。
ヌーベルトキオシティの人質篭城事件は、両さんこと両津勘吉巡査長とケロロ小隊の水面下での活躍により、無事に見事解決した。
いよいよ遥々外宇宙の彼方から来訪する星間評議会の特使を地球に迎え入れる準備が進む中、四国・鬼ヶ城山では、たまたま四国を訪れていた剣流星一行や山地闘破・学兄弟、そして昔の犯した罪を償うため巡礼の旅を続けていたネロス帝国・ヨロイ軍団元激闘士ベンＫが、謎の奇怪な連続辻斬り事件に巻き込まれようとしていた。
続々と日本本土へと迫るゴジラ、ラドン、ギャオスなど、留まることを知らない名だたる怪獣たちの脅威！ 一方、相田マナたちドキドキ！プリキュアチームは、ひょんなことから学園都市を訪れ、そこで出会った仮面ライダーＷ、上条当麻、御坂美琴たちと協力し見事事件を解決。ゴジラも黒木翔特佐の駆るメカゴジラとＧフォースの活躍によって氷漬けにすることに成功した！
シン・アスカたちザフト軍ミネルバ隊が駆けつけたこともあり、無事に地球へと到着した星間評議会の特別使節団一行。地球連邦政府首脳との協議の結果、ヒーロー統合部隊「ブレイバーズ」の設立が決定された！ それを妨害すべく、Ｇショッカーのカイザーブルドントとシスタージルが動き出す・・・。
ブレイバーズの結成を受けて、動きが急速に加速する正義のヒーロー軍団。伝説の勇者ダ・ガーンの復活。キューティーハニー、セーラームーンら美少女戦士たちの参戦。光の陣営に属する戦士たちは、徐々にその規模を大きくしていく。しかしその動きを快く思わぬのは、Ｇショッカーやロゴスばかりではなかった。中東の新興大国サラジアの指導者アフマド・アルハザード副大統領、そして超大国アメリカを見えない糸で操る影の政府である。
悪の妖怪たちの胎動に対抗するため、鉄刃、志葉家の侍たち、疾風流の忍者、国立半蔵学院の善忍たち、そして花丘イサミたちしんせん組が共闘体勢構築に向けて動き出した。
ブレイバーズに所属する子供たちを中心として、大規模な合同キャンプ合宿が開かれる運びとなった。場所は南太平洋に位置する地球連邦政府直轄の保護領・ブリアン島。しかし、子供たちのテント村の反対方向にある西の岬では、密かにＧショッカーが気象兵器の実験を行っていた・・・。
知恵と勇気で見事危機を乗り切ったブレイバーズの子供たち。楽しい事も、大変な事もあった。新しい友達もできたし、未知の敵とも戦った。７日間のワイルドでスリリングな思い出を刻んだブリアン島は、轟音と共に地上から姿を消したのであった。
ブリアン島から帰還した相良宗介は、休む間もなくミスリルの任務でサラジアへと潜入。そこで次元を超えて地球に迷い込んでいた、アラジン、アリババ・サルージャ、モルジアナの３人を保護し、ディオドスシステムで元の世界へと無事送り返す。
一方、ブレイバーズに対抗するため、Ｇショッカーは財団Ｘと宇宙帝国ザンギャックを招聘。ショッカー正規軍とゴズマ軍は、新たに大ショッカー軍並びに大ザンギャック軍となって生まれ変わった！
メガロシティにある海防大学付属高校に通う高校二年生・牧村光平は、ある日、謎の女・東条寺理乃によって未知の人体実験を施され、シグフェルと呼ばれる異形の姿へと変貌してしまう。光平はシグフェルの本能に導かれるままに、戦いの渦へと巻き込まれていく。
時を同じくして、時空クレパスを自在に操る正体不明の怪物群が、黄泉がえった人間をターゲットとした殺戮行為を開始する。事態を重く見た警視庁は、暫定的にその怪物群をイーバ（EBE）と命名し、その対策に着手。
いよいよ物語は風雲急を告げて動き始める・・・。
謎の戦士シグフェルの持つ未知の強大なパワーに、Ｇショッカーやロゴスなどの悪の勢力が目を付け始める。Ｇショッカーによる執拗な対シグフェル捕獲作戦の魔手が、徐々に牧村光平を追い詰めていく。一方のブレイバーズも、イーバに唯一対抗できるシグフェルの力が悪の手に落ちる前に保護しようと、懸命の探索活動を展開する。
その頃、聖居を取り仕切る実力者・天童菊之丞はブレイバーズを危険視し、密かにヒーローたちを監視するため各所に密偵を放つ。
謎の超戦士シグフェルこと牧村光平は、次第にブレイバーズとＧショッカーの戦いに巻き込まれるようになるが、お互いの正体には気づかないまま、剣流星＝超人機メタルダー、沖一也＝仮面ライダースーパー１、静玄太郎と霧島五郎＝アイアンキングなど歴戦のヒーローたちと交流を深めていく。
一方、木星勢力に拉致されたエリカの行方を竜崎一矢たちが懸命に捜索する中、動乱の続く火星に、戦国武将・天衣無縫/長曾我部元親と、三国志の呉の武将・甘寧/思春の二人が時空を超えて降臨した。
謎のヒーロー・シグフェルの正体と行方を追う捜索が懸命に続けられる中、レッドマフラー剣持隊は、本郷猛＆一文字隼人のダブルライダー、FBI捜査官・滝和也と合同チームを組み、怪事件が起こっている小笠原諸島へ調査に向かう。
久しぶりに異世界エターナリアから地球に帰ってきた神城桃矢と金剛煌は、鷲崎飛翔らライディーン戦士たち、そして丹童子アルマと協力して、生田山で画策されていたＧショッカーの陰謀を砕く。その戦いの最中に、舞原このはと宮坂瑠璃（そして彼女の中に眠る西条きらり）はオリジナル変身能力を獲得して参戦を果たす。
地球連邦宇宙軍の招待で、仲間たちと共に月を訪れた月野うさぎ＝セーラームーン。
彼女の前に、Ｇショッカー闇女王同盟の最高幹部ヘドリアン女王が立ちはだかった。
謎の戦士シグフェルの正体を暴くべく、Ｇショッカーは秘密結社エゴスの鑑識＆プロファイリングのエース、ホウタイ怪人を投入。ついにシグフェルの変身者が牧村光平だと露見してしまう。果たしてブレイバーズは光平を救えるのか！？